Οι Διδακτορικές Σπουδές παρέχουν εξειδίκευση στα γνωστικά πεδία των Τμημάτων του Διεθνούς Πανεπιστημίου της Ελλάδος, αλλά και σε συγγενή πεδία και οδηγούν στην απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος. Αποσκοπούν στην προαγωγή της γνώσης και της πρωτότυπης επιστημονικής έρευνας, καθώς και στη συγκρότηση επιστημόνων ικανών να συμβάλουν στην πρόοδο της επιστήμης, της έρευνας και των εφαρμογών. Οι Διδάκτορες προορίζονται να στελεχώσουν το εκπαιδευτικό, ερευνητικό και επιχειρηματικό δυναμικό της Ελλάδας και του εξωτερικού.
Οι υποψήφιοι/ες διδάκτορες και μέχρι την ολοκλήρωση της Διδακτορικής Διατριβής τους διατηρούν πλήρη τα δικαιώματα και τις παροχές που προβλέπονται και για τους/τις φοιτητές/τριες του β’ κύκλου σπουδών. Ενδεικτικά αναφέρονται: τεχνολογική και οικονομική υποστήριξη, βραβεία, υποτροφίες, φοιτητική μέριμνα, εκπροσώπηση σε συλλογικά όργανα, κ.ά. Επιπλέον, οι υποψήφιοι/ες διδάκτορες διατηρούν δικαιώματα πρόσβασης, δανεισμού και χρήσης των ηλεκτρονικών υπηρεσιών των πανεπιστημιακών βιβλιοθηκών μέχρι και πέντε (5) έτη μετά την απονομή του Διδακτορικού Διπλώματος.
Από το Ακαδημαϊκό Έτος 2020-2021, το Τμήμα Γεωπονίας του ΔΙΠΑΕ, σύμφωνα με το Ν. 4485 (ΦΕΚ 144 Α΄/4-8-2017), που αφορά στο θεσμικό πλαίσιο για την οργάνωση και λειτουργία της Ανώτατης Εκπαίδευσης στην Ελλάδα, οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών (ΠΔΣ). Ο Κανονισμός Διδακτορικών Σπουδών εγκρίθηκε και δημοσιεύθηκε στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως της Ελληνικής Δημοκρατίας στις 21 Αυγούστου 2020 (Απόφαση Αριθμ. ΔΦ15/11787, ΦΕΚ 3478 Β΄/21-8-2020). Σε αυτή την απόφαση παρουσιάζονται όλα τα στοιχεία του κανονισμού του Διδακτορικών Σπουδών.