Μέθοδοι Γενετικής Αξιολόγησης Ζώων

Γενικά

• Κωδικός: 600-192010
• Εξάμηνο: Επιλογής Χειμερινό
• Επίπεδο Σπουδών: Προπτυχιακό
• Τύπος μαθήματος: Ειδικού Υποβάθρου
• Γλώσσα διδασκαλίας και εξετάσεων: Ελληνικά
• Το μάθημα διατίθεται σε φοιτητές Erasmus
• Μέθοδοι Διδασκαλίας (Ώρες/εβδ.): Διδασκαλία (4)
• Μονάδες ECTS: 4
• Σελίδα μαθήματος: https://moodle.teithe.gr/course/view.php?id=3897

Περιεχόμενα μαθήματος

Εκτίμηση των Κληροδοτικών Τιμών. Φαινοτυπικές αποδόσεις σε διαφορετικές συνθήκες του περιβάλλοντος. Εκτιμήσεις των κληροδοτικών τιμών για μια ιδιότητα από διάφορες πηγές πληροφοριών [π.χ. Ατομική επιλογή, Άμεση ατομική επιλογή, Ατομική επιλογή με επαναλαμβανόμενες ιδιότητες, Έμμεση ατομική επιλογή, Προγονικήεπιλογή(μία προγονική απόδοση, περισσότερες προγονικές αποδόσεις), αδελφική επιλογή (Sibselection), Οικογενειακή επιλογή, Απογονικός έλεγχος (Progenytesting)].
Συνδυασμένη ατομική-οικογενειακή επιλογήμε Δείκτη Επιλογής.Εκτίμηση Ολική κληροδοτικής τιμής. Ακρίβεια εκτίμησης κληροδοτικών τιμών και ολικής κληροδοτικής τιμής.
Ανίχνευση Γονιδιακών Τόπων Ποσοτικών Ιδιοτήτων (QuantitativeQTLdetection)
Ανάλυση Ολικής Γενωμικής Συσχέτισης

Μέθοδοι γενετικής αξιολόγησης:
α) Πρώτιστηγραμμική αμερόληπτη πρόβλεψη (BesτLinearUnbiasedPrediction, BLUP) με πολυγονιδιακό πρότυπο
• με μια ιδιότητα
• με μια επαναλαμβανόμενη ιδιότητα (repeatabilitymodel)
• με πολλαπλές ιδιότητες (multitraitmodels).

β) Επιλογή Υποβοηθούμενης από Γενετικούς Δείκτες
• MarkerAssistedSelection με BLUP

γ) Γενωμικήεπιλογή (Genomic Selection)
• GBLUP (Genomic Besτ Linear Unbiased Prediction)
• Κατά Bayes (Μέθοδοι Bayes A και Bayes B)

Μαθησιακοί Στόχοι

Σκοπός του Μαθήματος είναι ο φοιτητής να εκπαιδευτεί σε σύγχρονες μεθόδους γενετικής αξιολόγησης υποψηφίων γεννητόρων σε ένα πρόγραμμα Γενετικής Βελτίωσης Ζώων.
α) Με κλασσικό πολυγονιδιακό πρότυπο
Ο φοιτητής θα εκπαιδευτεί στην χρήση διαφορετικών λογισμικών για την εφαρμογή γενετικής αξιολόγησης με Πρώτιστη Γραμμική Αμερόληπτη Πρόβλεψη (BLUP) με:
• Πατρικό Πρότυπο (SireModel)
• ΑτομικόΖωικόΠρότυπο (Animal Model)
Επίσης θα μάθει πως να αξιολογεί και να εφαρμόζει πρότυπα αξιολόγηση συνδυάζοντας πολλές ιδιότητες ταυτόχρονα (MultitraitGeneticEvaluation) αλλά και να συνδυάζει πολλαπλές κληροδοτικές τιμές (EBV, EstimatedBreedingValue) από γενετική αξιολόγηση σε ολική κληροδοτική τιμή (Δείκτη Επιλογής).
β) Με την χρήση μοριακών γενετικών δεικτών
Ο φοιτητής θα εκπαιδευτεί στους τρόπους αξιοποίησης γενετικών επιδράσεων που πηγάζουν από μοριακούς γενετικούς δείκτεςστην γενετική αξιολόγηση:
• Με την χρήση Επιλογής Υποβοηθούμενης από Γενετικούς Δείκτες (MarkerAssistedSelection)
• Με την χρήση Γενωμικής Επιλογής (GenomicSelection) μέσω της εκτίμησης ΓενωμικώνΚληροδοτικών Τιμών (GEBV, GenomicEstimatedBreedingValues).

Γενικές Ικανότητες

• Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
• Αυτόνομη εργασία
• Ομαδική εργασία
• Παράγωγή νέων ερευνητικών ιδεών

Μέθοδοι Διδασκαλίας

Στην αίθουσα διδασκαλίας και στο Εργαστήριο πρόσωπο με πρόσωπο.

Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών

• Το Θεωρητικό και το εργαστηριακό μέρος του μαθήματος πραγματοποιείται εξολοκλήρου με τη χρήση ηλεκτρονικών πολυμέσων.
• Οι ανάγκες της θεωρητικής διδασκαλίας του εν λόγω μαθήματος καλύπτονται με computer, σύνδεση Internet και dataprojector.
• Το εργαστηριακό μέρος του μαθήματος γίνεται εξολοκλήρου με Η/Υ και εξοικείωση με εξειδικευμένα λογισμικά γενετικής αξιολόγησης και ανάλυση παραδειγμάτων.
• Ως Εκπαιδευτικό Λογισμικό χρησιμοποιούνται :
  Ι. PEST byGroonevelt (Για την γενετική αξιολόγηση)
  ΙΙ. ASRemlbyGilmour (Για την γενωμική αξιολόγηση)

Οργάνωση Διδασκαλίας

Αξιολόγηση Φοιτητών

• Εκπόνηση Εργασίας (30%)
• Γραπτή τελική εξέταση (70%) που περιλαμβάνει εργαστηριακές ασκήσεις και ερωτήσεις.

Συνιστώμενη Βιβλιογραφία

1. Ρογδάκης, Ε., 2009. Γενετική Βελτίωση Αγροτικών Ζώων. Εκδόσεις: Σταμούλη, Αθήνα.
2. GroeneveldE, KovačM, MielenzN. 2010. VCE User’s Guide and Reference Manual, version 6.0. Institute of Farm Animal Genetics; Neustadt, Germany.
3. Butler, D.G., Cullis, B.R., Gilmour, A.R., Gogel, B.G., Thompson, R., 2017. ASReml-R Reference Manual Version 4. VSN International Ltd, Hemel Hempstead, HP1 1ES, UK.

Συναφή επιστημονικά περιοδικά

1. Animal Breeding and Genetics
2. Animal Genetics
3. Genetics-Selection-Evolution.